Partimos de la base de que cualquier tema es completamente modificable, en su totalidad y sin limitaciones más allá de los conocimientos de cada uno.
Tú puedes coger tu tema y modificarle todos los colores por otros de tu gusto perfectamente como podrías sabiendo como hacerlo crear un tema nuevo que no se parezca en nada al tema original.
Ahora, hay miles de temas, es mucho más sencillo buscar uno que se adapte a lo que quieres y modificarlo mínimamente que coger uno cualquiera y cambiarlo por completo.
Lo que hay que tener claro es que el CSS solo sirve para cambiar la apariencia del tema y poco más, para cambiar funcionalidades o añadirlas hay que editar los archivos del Wordpress (index.php, single.php, functions.php, etc) sabiendo más o menos qué archivo (o archivos) editar para qué cosa y de qué modo.
El tema es suficientemente amplio y complicado como para requerir una carrera universitaria.
De momento mientras puedas añadir funcionalidades con plugins te quitarás dolores de cabeza de encima, en caso de querer algo para lo que no exista un plugin habría que ver qué exactamente y buscar una solución alternativa; entre medias puedes rastrear la red con montones de páginas que enseñan cositas sobre Wordpress e ir empapándote poco a poco porque lo necesitarás, a no ser que finalmente decidad no complicarte demasiado.
También te aconsejaría no sobrecargar la página demasiado con
tonterías y montones de plugins innecesarios porque eso puede hacer que vaya muy lenta o que sea poco accesible y acabe no gustando.
Te voy a poner unos ejemplos, con esto no quiero decir que tengas que hacer lo que explico, simplemente que veas que hay diferentes opciones y que si bien no son muy complicadas hay que dedicarle tiempo en cuanto a buscar las alternativas y aplicarlas correctamente.
Mi tema no soporta widgets pero yo quiero usarlos:
http://www.liamngls.com/index.php/2008/11/adaptar-un-tema-de-wordpress-para-el-uso-de-widgets/Trabajando con shortcodes para evitar los plugins (ambas opciones son compatibles):
http://www.liamngls.com/index.php/2009/09/trabajando-con-shortcodes/Un ejemplo de añadir una funcionalidad a la barra lateral (sin shortcodes, ni widgets, ni plugins):
http://www.liamngls.com/index.php/2009/10/anunciar-entradas-en-el-tema/Leer más en Wordpress (modificando una parte del código de un archivo para que muestre lo que queremos):
http://www.liamngls.com/index.php/2010/06/leer-mas-en-wordpress/