Hola.
Los permisos de las carpetas son los normales de tu usuario, no es necesario tocar nada en ese aspecto (exceptuando Prestashop, que suele dar algunos problemas en este aspecto).
A ver, cuando te aparezca la página diciendo que en tal o cual carpeta los permisos no están correctos, no te compliques y dáselos todos: chmod -R 777 carpeta. Esto te debería permitir echarlo a andar por lo menos. Más adelante, a medida que lo vayas conociendo, ya irás puliendo el tema de los permisos y la seguridad. (Al decirte que des todos los permisos sin mirar doy por supuesto que estás en una red local que controlas, si no fuera así ya habría que entrar en más detalles, obviamente, aunque nunca me ha convencido del todo el manejo de los permisos que lleva a cabo Prestashop, dicho sea de paso).
Ah, ten en cuenta también el usuario y el grupo. Como referencia toma el usuario y grupo que tenga el archivo index. Si necesitaras cambiarlos en algún sitio lo puedes hacer así: chown -R usuario.grupo carpeta.
Saludos.