Para estos propósitos uso el catalogador "Cathy" , es gratuito , la ventaja es que las búsquedas las hace en todos los volúmenes catalogados al mismo tiempo y casi al instante, por ejemplo un determinado mp3 o cualquier tipo de archivo detecta que lo tiene en una partición de tu DD y además en un CD determinado, dependerá del operador que hacer, si se elimina o se sigue conservando el que se tenga en el DD, lo mismo si hay repeticiones del archivo en diferentes particiones o en distinta carpetas de una misma partición.
Al Cathy lo puedes bajar de su página oficial, recomiendo además que te bajes el manual de uso debido a que el programa difiere un poco de la metodología de la mayoría de los programas windows, pero es muy fáci.
http://www.mtg.sk/rva/