No conozco ese CMS desde el punto de vista de que no lo he usado.
Otra cuestión ¿el CMS funciona bien con ese archivo "desactivado"? Porque si funciona bien tampoco habría ningún "problema real".
Es que como yo lo entiendo es complicado saber el problema exacto y más porque la respuesta que te han dado sigue siendo bastante escasa.
El funcionamiento "lógico" de un CMS es que los archivos xxxx.php no tienen nada dentro, únicamente líneas de código para mostrar diferentes contenidos de la plantilla y/o base de datos; por ejemplo el index.php cargará la hoja de estilo, las barras laterales con los diferentes menús, el pié de página, el encabezado, etc ... y todo eso lo hará a través de otros archivos con extensión .php que harán las llamadas correspondientes a la base de datos que es donde realmente están guardados los datos; visto así el problema podría ser cualquier script (contadores, estadísticas, publicidad, etc) que hayas insertado en cualquier archivo del CMS.
Creo que la mejor opción sería que actualizases el CMS y a ser posible lo hicieses subiendo al hosting la última versión del mismo en lugar de usar el OneClickSite, haciendo una copia de seguridad de la base de datos y de los archivos no deberías tener problemas con la reinstalación, aunque es muy recomendable que te leas la documentación del CMS para ver como migrar tu actual versión a la última, quizás haya alguna extensión o plugin que te lo haga
automágicamente.
De todas formas yo creo que es un problema suyo y que no saben como resolverlo:
http://forums.tripod.lycos.co.uk/use/mm_20/44410/44410/read.phtmlY de paso ... prepárate para lo peor:
http://oscommerce.qadram.com/modules.php?name=Forums&file=viewtopic&t=22042