Si te hace un scandisc completo, la superficie del disco duro completa, creo que una de las pocas formas de hacer que termine de hacerlo es esperar a que termine por completo de comprobar, y no cancelarlo antes.
Tiene muchos años ese disco duro? lo digo porque es raro que lo haga, suele pasar ya cuando los discos estan muy cascados.
Otra forma de hacer para que pare es irte a Inicio - Ejecutar - msconfig, ahora en esa ventana vete a la ultima pestaña "inicio" ahi busca alguna linea en la que haga referencia a scandisk y desmarcala, aplica, acepta, y reinicia, a ver si asi se solucionó.
En cuanto a desfragmentar, hazlo mejor arrancando en modo "A prueba de Fallos"