Buenas...
Para empezar descartando problemas suponemos que no has tocado la configuración maestro/esclavo de las unidades ópticas, compruebalo por si fuese tan sencillo como eso.
Para seguir, comprueba el estado del cable IDE que tienes en el secundario, prueba incluso a cruzarlo con el del primario, tal vez sea eso.
Como parece que el IDE primario no te está danoo problemas, no parece probable que sea un problema de configuración del controlador de la placa, pero por si fuese ese el caso, yo los reinstalaría.
Prueba, si con esto no se soluciona a poner lo dos HD en el secundario y las unidades ópticas en el primario, a ver si dan fallos los HD o si siguen falllando las unidades ópticas en cuyo caso deberías ir considerando la opción de sustituirlas y tratar de averiguar la causa por la que te han fallado ambas. Si el fallo está en el canal secundario del IDE... mal asusnto, puede ser que se haya estropeado por alguna razón, y eso tiene mal arreglo, asi que tal vez la única solución sea sustituir la placa o incorporar una controladora PCI para poder conectar las unidades.
Ya nos cuentas cuando revises eso que te he comentado.