Para mi el mejor clonador de particiones es el Powerquest "Drive Image 2002".
También podrías usar el disquete de arranque que se genera con el Ghost, lo que no entiendo es por que no usas una imágen de la que tienes para volver el sistema al estado anterior de haber querido desinstalar el N Ghost.
En resumen, lo que te aconsejo es instala el "Drive Image 2002" y le haces una imágen de tu sistema en un lote de CDs, luego, reintalas una imágen "buena" realizada con el N. Ghost usando el disquete de arranque, finalmente, con el Drive Image, puedes explorar la imágen y reponer los archivos que hagan falta.