Hace un tiempo encontre esto por internet, nunca lo he probado pero lo guarde por si acaso:
¿Cómo arreglar (en la medida de lo posible) los arañazos de los Cds? 
Los cds se componen de un sustrato (de diferentes colores) que va 
'encima' de una pieza de plástico circular. Pues bien, la parte más 
delicada del Cd es la parte de 'arriba' (donde se escribe) y no la 
parte transparente. Si ésta se raya tiene solución. Reproduzco un 
post de Manu: 
Si este es vuestro caso y el CD esta mas rallao que un bakala en 
nochevieja no lo tireis. Los CDs se pueden arreglar (con trabajo, eso 
si). 
La información de un CD es realmente dificil que se estropee. Lo que 
se raya es la capa de protección que hay por encima, y los rallajos 
confunden al lector. ¿Como arreglarlo?, pues bien, hay que pulirlo. 
Ya se que parece una animalada pero funciona. Primero hay que 
localizar los rallajos que puedan dar pronlemas (los + o - paralelos 
a las pistas), y despues de lavar bien el compact (si, con agua y 
jabón) y una vez seco, se frota muuuuchas veces el rallajo (del 
centro a los bordes) con un trapo suave y un abrasivo suave (no con 
papel de lija, ¿ein?). A saber todos teneis pasta de dientes en casa 
¿no? (Si no, pues deberiais). Pues eso sirve. Después se lava bien 
otra vez, se seca, y se comprueba el resultado. Os aseguro que 
funciona. 
A mí solo que queda añadir que algunas tiendas arreglan los Cds y 
que existe una cera que sirve también para ello.