Esa es una interesante pregunta , ¿ para que viene bien eliminar las cookies ?
Quizás primero habría que saber exactamente que es una cookie , que hace y que podría llegar a hacer

Una cookie (en inglés, galleta) es un fragmento de información que se almacena en el disco duro del visitante de una página web a través de su navegador, a petición del servidor de la página. Esta información puede ser luego recuperada por el servidor en posteriores visitas. Las inventó Lou Montulli, un antiguo empleado de Netscape Communications.
Al ser el protocolo HTTP incapaz de mantener información por sí mismo, para que se pueda conservar información entre una página vista y otra (como login de usuario, preferencias de colores, etc), ésta debe ser almacenada, ya sea en la URL de la página, en el propio servidor, o en una cookie en el ordenador del visitante.
De esta forma, los usos más frecuentes de las cookies son:
* Llevar el control de usuarios: cuando un usuario introduce su nombre de usuario y contraseña, se almacena una cookie para que no tenga que estar introduciéndolas para cada página del servidor. Sin embargo una cookie no identifica a una persona, sino a una combinación de computador y navegador.
* Ofrecer opciones de diseño (colores, fondos, etc) o de contenidos al visitante.
* Conseguir información sobre los hábitos de navegación del usuario, e intentos de spyware, por parte de agencias de publicidad y otros. Esto puede causar problemas de privacidad y es una de las razones por la que las cookies tienen sus detractores.
Originalmente, sólo podían ser almacenadas por petición de un CGI desde el servidor, pero Netscape dio a su lenguaje Javascript la capacidad de introducirlas directamente desde el cliente, sin necesidad de CGIs. En un principio, debido a errores del navegador, esto dio algunos problemas de seguridad, que posteriormente fueron resueltos. Estas vulnerabilidades fue descubiertas por Esteban Rossi.
http://es.wikipedia.org/wiki/CookieLo que no dice en esa explicación es que si alguien accede a tu ordenador y tienes las cookies guardadas puede usarlas para cosas tan "triviales" como llenarte el equipo de spam o acceder a tus cuentas de correo , foros ,
datos bancarios ( en caso de que uses internet para conectar con tu banco ) , etc.....
Eliminando las cookies eliminas posibilidades de robo de información.
Personalmente cuando accedo a algún sitio de información reservada como pueda ser una cuenta bancaria borro las cookies inmediatamente al salir del sitio , no me supone un problema tener que introducir mi usuario y contraseña nuevamente en los foros a los que estuviese conectado en ese momento.
Eso por no decir que le dejes el ordenador a algún amigo y al entrar en un sitio se encuentra con tu sesión iniciada , luego ves cosas que tú no has escrito y que a los demás les ha sentado mal , esto es lo que el amigo define como una "broma".
Ya he dicho que yo
siempre borro las cookies justo antes de cerrar el navegador , pero como anécdota me pasó que se estropeó el ordenador del trabajo , se bloqueó y tuve que apagarlo desconectándolo de la red eléctrica y ya no pude volver a encenderlo , cuando me lo trajeron una semana después al entrar en el foro no tuve que poner mi usuario y contraseña porque al cerrar por las bravas no había podido borrar las cookies .... si antes de llegar yo alguien hubiese accedido al foro ( por ejemplo a través de una búsqueda en google ) yo tendría un problema.... porque nunca se sabe que podría haber pasado o que no.
Otra opción , por lo menos en sitios como este , es limitar la duración de la sesión de la cookie , así pasado el plazo esta expira , pero sigo prefiriendo borrarlas todas.