En los CMS normalmente los permisos van puestos automáticamente en el archivo , si no te permite acceder a él debe ser que no lo haces de forma correcta , seguramente esos archivos solo sean accesible desde el panel de administración o desde cualquier otra opción pero logueado como admin ( es dificil saber , sin saber que tipo de archivos son ).
De todas formas desde el FTP puedes cambiar los permisos a los archivos en caso de ser necesario ...sobre permisos..
- Los permisos son los niveles de acceso a determinadas acciones sobre los archivos o directorios de propiedad de un usuario determinado en un servidor web (en general, en un sistema Unix/Linux). Se determina en primer término quién/quienes son los usuarios autorizados a operar:
- User (nombre del usuario propietario). Por defecto, el servidor Apache se ejecuta con el usuario "Nobody" (nadie, o "cualquiera")
- Group (nombre del grupo al cual pertenece un usuario determinado)
- Public (en general, cualquier usuario anónimo que tenga acceso público al sistema)
En segundo lugar se determina el nivel de acceso de usuarios o las acciones que pueden ejecutar sobre ciertos archivos o directorios:
- Read: Lectura
- Write: Escritura (modificación, edición, renombre)
- Execute: Ejecución (más utilizado en directorios que en archivos)
Los permisos pueden cambiarse desde un cliente de FTP, por medio de acceso por SSH, o desde el panel de control que provee el servicio de hosting. El comando Unix se conoce como CHMOD. El usuario se cambia con el comando CHOWN.
Es importante aclarar que en general los permisos de ficheros debe ser 664 y los permisos de directorios 755..... EXCEPTO en los casos en que Joomla deba escribir o modificar algún fichero (generalmente archivos de configuración), el cual deberá tener permisos 666 o 777. Si se trata de un directorio donde Joomla deba colocar archivos, borrarlos o actualizarlos el mismo debe tener un permiso 777.
Fuente , este texto está sacado de las faq de joomla , pero el sistema de permisos es igual para todos los archivos independientemente del CMS.
Mira la documentación de Moodle en su página , a ver que te pone sobre esos archivos en cuestión
