Hay varios tipos de temporales e incluso algunos programas crean sus propios directorios de temporales que luego no eliminan correctamente al dejar de trabajar con esos programas y/o archivos.
En C:\Windows\Temp se puede eliminar todo el contenido .... y en la carpeta de temporales del Internet Explorer también , en el IE sería (con el programa abierto) Herramientas - Opciones de Internet - Eliminar archivos temporales.
Una buena opción es usar un programa que los borre todos , estén donde estén ... por ejemplo el Disk Cleaner

Aquí te dejo un manual para ese programa
http://www.daboweb.com/foros/index.php?topic=20647.0 