El archivo lo bajarás en un *.zip , *.rar o lo que sea , un archivo comprimido.
Descomprimir se refiere a extraer el contenido de ese archivo (el programa) , en el momento de hacerlo te pedirá que lo guardes en una carpeta , ahí le indicas en donde , una carpeta solo para ese programa.
Si por un casual te lo bajases directamente en el ejecutable ... hijackthis.exe (o como sea) simplemente guardarlo en una carpeta donde sólo esté el HijackThis.
En el manual se explica como subir los logs ... los logs son texto que se abren con el bloc de notas , puedes seleccionar todo el texto con el ratón y copiar ( Control+C ) y luego pegar ( Control + V ) o hacerlo desde la barra de herramientas del bloc de notas.
Por si no te aclaras mucho con el tema de descomprimir archivos te dejo un tutorial para el Winrar.
http://usuarios.lycos.es/liamngls/html/modules/news/article.php?storyid=17 