Yo utilizo la version "30e Pawcio 4.13" a mi me va bien,(las versiones que se basan en kademlia no me hacen gracia) pero en esto de los mods cada ordenador es un mundo, en cuanto a lo de las copias de seguridad, metete en la carpeta "config" del programa, y selecciona adresses.dat, clients.met, cryptkey.dat, emfriends.met, known.met, preferences.dat, preferences.ini, shareddir.dat, staticservers.dat, y los copias a otra carpeta(aunque sea en el escritorio) despues descomprimes el archivo que te hayas descargado con la ultima version en la carpeta en la que tienes instalado el emule, sobreescribes todos los archivos, despues copias otra vez los archivos que habias guardado antes otra vez en la carpeta config. (a veces no hace falta copiarlos todos, depende de como tengas configurado el emule, yo por si acaso te digo todos

).
Ya despues de esto solo queda arrancarlo.
P.D. Aqui explico que hace cada uno de los archivos por si acaso te quieres ahorrar copiarlos todos.
Adresses.dat: Si tienes puesta la opcion de que te actualice los servidores al iniciar, aqui se guardan las direcciones desde donde se descargara las actualizaciones.
Clients.met: los creditos de toda la gente que ha compartido algo contigo.
cryptkey.dat: Aqui se guarda los datos de tu "identificacion segura" creo que ya en la version 30 estaba, aunque es posible que no encuentres este archivo concreto, si lo tienes, es muy importante que lo copies.
emfriends.met: Si tienes una lista de amigos, importante que lo copies, sino no hace falta.
known.met: Se guarda el HASH de todos tus archivos, si no copias este, la primera vez que se habra el emule tendra que volver a calcularlo, y puede tardar bastante.
Preferences.dat: Aqui se guarda el HASH de usuario, muy importante copiarlo.
preferences.ini: Las preferencias del usuario, te conservara algunas de las opciones que utilizabas con la version anterior, aunque no todas.
shareddir.dat: Si tienes configurado el incoming y el temp en otra ruta distinta, p.ej. otra particion, si lo copias te lo cogera desde el principio, sino tendras que volver a configurarlo.
staticservers.dat: aqui se guardan los servidores que tengas fijos, si no lo habias tocado, tal vez te convenga tener una version mas actual.
Y aqui termina tu aburrimiento de tanto leer :D