Pues si, dejando las empresas aparte, es cierto que con un server bajo Windows (que no lo he probado la verdad) seguro que es más fácil cuando no sabes de GNU/Linux pero el rendimiento (hablando de servidores web) creo que es superior al de máquinas con Windows en sitios con tráfico necesitando menos recursos a nivel de hard por lo que me ha comentado algún colega que también se dedica a esto fundamentalmente en sistemas bajo Windows server, eso además de que el precio es menor por el tema de las licencias (algo importante hoy en día).
CentOS, si, he trabajado en alguno de ellos por un par de encargos, desde luego que no van nada mal sólo que yo en Debian y derivados me siento más cómodo por la gestión de paquetes vía apt o aptitude.
Creo que lo mejor es que virtualices en VirtualBox un sistema bajo CentOS e instales un servidor web con su apache, php, MySQL etc y las pruebas las hagas antes en un entorno local.
De veras, primero eso y luego ya podrás ir asegurando el sistema, esto lo digo porque así empezarás de un modo "más seguro", recuérdalo, ahora, el primer "enemigo" puedes ser tu con tu falta de experiencia...
Un abrazo !
