Uff lo del Downgrade no lo acabo de ver claro...joder, ese error tiene que estar en algún log de los que te comenté ;(, lo del Scroll a los PDF no creo que tenga que ver, si acaso algo de la gestión de energía por decir algo que pueda afectar al equipo, lo "pete" y te haga ese reboot...
El fsck también lo has hecho, has mirado en los logs...no sé la verdad, mira, haz una cosa, crea otro usuario nuevo, mete tus docs y movidas en esa cuenta nueva y a ver si te sucede lo mismo, es por ir descartando que alguna configuración hecha en tu user te provoque un conflicto, creo que es lo más rápido aunque sigue siendo un coñazo...
En un caso "extremo" puedes migrar a Debian haciendo un aptitude full-upgrade o apt dist-upgrade cambiando los sources list que apuntan a ubuntu por los de Debian, yo se lo hice no hace mucho a un amigo y no le fue nada mal, es matar moscas a cañonazos pero si usas GNOME pocas diferencias verás, no sé, a ver que se nos ocurre
