Pues mucho me temo que aunque queramos un formato libre, estos nunca van a tener el visto bueno de los fabricantes de hardware (que son los que ponen la pasta)...
Y como las recomendaciones nada dicen al respecto, porque en el fondo para el usuario final no importa... mucho me temo que H.264 se va a llevar de calle a todos.
Ogg Theora por falta de apoyos... y WebM por llegar tarde.
Además que h.264 es el único que reproducen los ipads e iphones... y de estos hay muchos millones de usuarios.