Puedes instalar los programas que desees en el disco externo pero.....
Recuerda que windows registra todo lo que instalas y lo que haces en la pc, esto quiere decir que si el programa esta en los registros de windows de tu pc el programa funcionara normalmente, si llevas el disco a otra pc en la cual no esta registrado el programa, este no funcionara, ademas recuerda que los programas tienen librerias dll que en muchos casos son compartidas pero en otros casos son particulares del programa, estos archivos dll generalmente estan en la carpeta de windows o en la de archivos de programas, sin ellos en otra maquina tampoco van a correr normalmente
Hay programas que no requieren estar registrados y utilizan los dll en su misma carpeta, estos si deben correr sin problemas
Te recomendaria que programas grandes como Office, Corel, Photoshop, Autocad etc los instales en tu disco duro fijo y programas portables como Aida, HijackThis, DeepBurner y otros portables los instales en el disco externo para que puedas utilizarlos en cualquier pc
