Hola.
Buena elección la de Debian

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Sobre particiones, como sobre todo, hay multitud de gustos y preferencias. Yo te voy a exponer las mías y ya tú haces lo que creas mejor.
En mi caso haría lo siguiente si tuviera esos dos discos y una RAM de al menos 4 gigas:
/ 2,0 gigas
/boot 0,5 gigas
/usr 15,0 gigas
/usr/local 6,0 gigas
/var 20,0 gigas
swap 0,5 gigas
/var/log 2,0 gigas
/tmp 10,0 gigas
/opt 12,0 gigas
/home 16,0 gigas
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84,0 gigas
Y el disco de 250 lo montaría enterito en mi home, dejando prácticamente todo el /home base para otros posibles usuarios que no vayan a trastear tanto como yo

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Con /opt y /tmp se puede jugar un poco quitándole a una y poniéndoselo a la otra, si no vamos a instalar muchas cosas de fuera de los repos (/opt), o si no pensamos descargar o grabar archivos (discos) demasiado grandes (/tmp). /usr/local también es candidata a ser modificada a la baja en favor de otra. Yo la pongo siempre con unos 6-12 gigas (depende de la capacidad del disco) porque ahí es donde guardo mis engendros y demás paridas de creación propia. Siempre me sobra mucho espacio en esa partición

. Pero no hay que olvidarse de que en /usr/local también se instalarán la mayoría de paquetes (por no decir todos) que decidamos instalar directamente a partir del tarball con los fuentes. Esa es otra razón para mantener separada esta partición: así no tendremos que recompilar todo lo que tengamos si tuviésemos que reinstalar el sistema base.
Si la RAM fuese inferior a 4 gigas pero igual o superior a 2, me plantearía subir la swap a 1 giga, pero nunca reserves para swap más de 2 gigas. Si la RAM fuese inferior a 2 gigas, lo mismo de swap que de RAM. Con RAM inferior a 1 giga puedes plantearte el doble de swap que de RAM. Se dice que la swap rinde mejor si está situada aproximadamente por la mitad del disco.
Más explicaciones:
Al raíz le sobrará con esos 2 gigas siempre y cuando /usr, /var, /tmp y /opt estén aparte. En realidad necesita bastante menos, pero a mí me gusta dejarle algo de espacio a /root

.
/boot será muy raro que te llegue a ocupar 30 megas, a no ser que decidas instalarte un montón de kernels para ir cambiando uno cada semana, por ejemplo.
En /usr va el grueso del sistema, que tirando por arriba lo mismo te ocupa 8 gigas con gnome y kde instalados los dos al completo. Es bueno dejarle un margen para que no se llene por encima del 75-80%, así que si piensas instalarte todo lo que haya en Debian con los fuentes incluídos, yo le daría algo más de esos 15 gigas.

En /var van por defecto las tablas de las bases de datos entre otras cosas, así que si piensas instalar cosas como joomla, wordpress, drupal... o currarte tus propias bases de datos, es bueno tener ahí espacio de sobra.
/var/log está aparte porque vas a montar un servidor web, y si las pérfidas leyes de Murphy (u otros desconocidos poderes) hicieran que el sistema se te inundase de logs, sólo se te colapsaría esa partición dejando el resto del sistema intacto. Arreglas el problema, la borras y hala, como si nada.
Una triquiñuela que hago en el equipo donde instalo Apache:
Me gusta poner un enlace simbólico en el directorio base de Apache (/var/www o el que le digamos) que apunte a mi /home (en este caso sería al disco de 250) y así no me tengo que mover de "casita" para instalar "weberías".
"Y... eso es todo lo que tengo que decir acerca de esto". (Forrest Gump).
Saludos.