A lo mejor por lo que voy a decir notais mucho que soy linuxero dado que he olvidado bastante de windows, pero:
/winnt/system32 es donde se instala un windows 2000
/windows/system32 es donde estan los archivos en un XP
Y nuestro amigo dice que antes no tenia la carpeta, lo cual mosquea, así que no sé yo si es para decir tan alegremente que esa carpeta es la del systema, más cuando virus y troyanos usan nombres confusos para despistar.
Vamos a ver, que yo soy muy paranoico.
desde linea de comandos (simbolo del sistema) vete a la carpeta en cuestion:
cd /winnt/system32 o lo que tengas que hacer

luego hacemos un dir y lo volcamos a un archivo
dir > dump.txt y despues, haz copy&paste del archivo dump.txt que se acaba de crear en la carpeta winnt/system32 y pegame la salida, a ver qué archivos tienes ahi dentro.
Un saludo.