Normalmente, los programas tienen una opción para detenerlos. Si es un antivirus, tendrás un icono en el systray (al lado del reloj), en el que pulsando con el botón derecho, aparecerá un menú desde el que podrás detenerlo.
Si no es así, puedes hacerlo utilizando el sistema. Para ello:
Si es w98, pulsando Ctrl+Alt+Supr aparecerá la lista de procesos. seleccionas uno y le das al botón para cerrar la aplicación.
Si es w2000, pulsas Ctrl+Alt+Supr, seleccionas el administrador de tareas, y en la pestaña de procesos, tienes una lista de los que se están ejecutando. Seleccionas el que quieres detener y le das al botón de "detener procesos". Si es wXP, supongo que será similar a w2000.
En W98, es posible que no aparezca algún proceso en la lista, pero si es una aplicación que no sea un virus, spyware o algo similar, lo normal es que aparezca.
un saludo.