No me referia a las particiones sino al formateo pero me parece que el mensaje de error en el booteo se refiere al disco que el bios busca como primer boot y no encuentra, normalmente puedes indicar un orden de booteo que puede ser A: C: esto hace que primero busque el boot en el disket, si no lo encuentra pasa a bootear desde el disco duro, pero no envia ningun mensaje de error ya que tiene el orden establecido y está enontrando los archivos del sistema donde se le dijo que estarían.
Podría ser y solo es una posibilidad que solo bootees desde C: pero que la partición no esté activa, por lo cual envia el mensaje de error, pero solo estoy presumiendo una hipotesis que podrias verificar.
Un saludo