Hombre, cualquier otra cosa es un abanico muy amplio de posibilidades pero convertir vídeo es una de las tareas que más recursos consumen del sistema, eso sin duda, así que a no ser que "cualquier otra cosa" sea darle caña a un juego de última generación las comparaciones serán más odiosas que nunca.
La cosa tiene que ser que se caliente el equipo en exceso, eliminada esa posibilidad podría ser un problema de RAM dañada (o falta de RAM) o problemas con la gráfica.
Yo te recomendaría hacer algo de mantenimiento en el PC, defragmentar, limpiar temporales, etc, etc ..
http://www.destroyerweb.com/general/mantenimiento-basico.htm incluso si pudieses formatear mejor que mejor.
Incluso para trabajar con vídeo sería lo suyo hacerlo en una partición independiente de la del sistema, de mínimo 20GB.
Si una vez con todo en orden el problema se reproduce va a ser casi seguro un problema de hardware, lo que te dice Mr_X o problemas de RAM y/o Gráfica.